La facturación electrónica ya no es una opción ni una ventaja competitiva: es una obligación que avanza a ritmo de ley. Pero no todas las empresas ni todos los autónomos parten del mismo punto. El régimen fiscal bajo el que opera cada contribuyente determina qué datos debe incluir en sus facturas, cómo debe emitirlas y con qué sistema debe hacerlo.
En este artículo explicamos, de forma práctica, qué implica la facturación electrónica para cada régimen fiscal principal y cómo un software de gestión como Gespymes puede simplificar el cumplimiento normativo sin importar tu situación tributaria.
El nuevo marco legal: Ley Crea y Crece y Verifactu
En España conviven actualmente dos grandes normativas que afectan a la facturación electrónica. Por un lado, la Ley Crea y Crece (Ley 18/2022) obliga a todas las empresas y autónomos a emitir y recibir facturas electrónicas en sus relaciones B2B (entre empresas), independientemente de su tamaño. Por otro, el sistema Verifactu, impulsado por la Agencia Tributaria (AEAT), exige desde 2025 que los programas de facturación certifiquen la integridad e inalterabilidad de cada registro, con opción de envío automático a Hacienda.
El resultado es que el tipo de factura que debe emitir una empresa ya no depende solo de quién le compra o vende, sino de cómo está constituida, bajo qué régimen tributa y a través de qué sistema gestiona su facturación. El incumplimiento de esta normativa puede derivar en sanciones relevantes para pymes y autónomos.
Régimen general del IVA: el caso más extendido
La mayoría de pymes y autónomos tributan en régimen general del IVA. Para estos, la factura electrónica debe cumplir con todos los requisitos del Reglamento de Facturación (Real Decreto 1619/2012): número de factura, fecha de emisión, datos del emisor y receptor, descripción de la operación, tipo impositivo y cuota repercutida.
Además, con la entrada en vigor del sistema Verifactu, sus facturas deben generarse con software certificado que garantice la trazabilidad e inalterabilidad de cada registro. Esto significa que ya no es posible modificar una factura emitida sin dejar rastro digital.
El software de factura electrónica de Gespymes genera automáticamente todos los campos obligatorios, asigna el número correlativo, calcula el IVA y envía los registros a la AEAT cuando el contribuyente opta por Verifactu.
Régimen simplificado del IVA (módulos): particularidades en la facturación
Los autónomos acogidos al régimen simplificado (el llamado sistema de módulos) pagan el IVA en función de parámetros objetivos como el número de empleados, la potencia eléctrica o los metros del local, no según su facturación real. Esto genera una confusión frecuente: ¿están obligados a emitir facturas electrónicas?
La respuesta es sí cuando operan con otras empresas o autónomos. La Ley Crea y Crece no hace distinción de régimen: cualquier relación B2B (empresa con empresa o empresa con autónomo) require factura electrónica. Sin embargo, sí existe una exención clara: las facturas simplificadas emitidas a consumidores finales (tickets) quedan fuera de esta obligación.
Para este perfil, el reto no está tanto en el cálculo del IVA como en tener un sistema que permita distinguir automáticamente cuándo emitir factura completa electrónica y cuándo puede emitirse simplificada. Gespymes permite configurar estas reglas de emisión desde el propio software de contabilidad, reduciendo los errores de cumplimiento.
Recargo de equivalencia: qué facturas deben emitir los comerciantes minoristas
El régimen de recargo de equivalencia es uno de los menos conocidos pero de los que más dudas genera en materia de facturación electrónica. Afecta a autónomos minoristas que venden productos al por menor sin transformarlos. En este régimen, el minorista no declara ni liquida el IVA: es su proveedor quien lo ingresa junto con el recargo correspondiente (5,2%, 1,4% o 0,5% según el tipo de IVA aplicable).
La implicación directa en facturación electrónica es que estos comerciantes normalmente no emiten facturas a sus clientes finales (solo tickets), pero sí las reciben de sus proveedores con el recargo desglosado. Cuando venden a otra empresa o autónomo, sí están obligados a emitir factura electrónica con el IVA general repercutido.
Esto requiere un programa de contabilidad que sepa diferenciar estas situaciones y contabilizar correctamente el IVA soportado con recargo sin mezclar los tipos de operación. La contabilización automática de facturas de Gespymes permite asignar el tipo de régimen por cliente o proveedor y evitar errores contables.
Operaciones intracomunitarias: facturación electrónica sin IVA
Las empresas que compran o venden a otras empresas de la Unión Europea tienen una particularidad fiscal relevante: estas operaciones tributan en el país de destino, no en el de origen, lo que significa que la factura debe emitirse sin IVA español y con mención expresa a la exención intracomunitaria.
Para ello, la empresa debe estar dada de alta en el Registro de Operadores Intracomunitarios (ROI) y consignar correctamente el NIF-IVA del comprador europeo. Cualquier error en estos datos puede derivar en la pérdida de la exención y en la obligación de ingresar el IVA correspondiente.
El software de Gespymes gestiona automáticamente la aplicación del tipo 0% en facturas intracomunitarias, valida el NIF-IVA del destinatario contra el censo VIES de la Unión Europea y genera el modelo 349 de operaciones intracomunitarias con los datos ya consolidados. Si tu empresa opera en varios países de la UE, este nivel de automatización reduce de forma significativa el tiempo dedicado a cuadrar declaraciones.
Autónomos en estimación directa: IRPF y facturación electrónica
La mayoría de autónomos que no tributan por módulos lo hacen en estimación directa, ya sea normal o simplificada. En este régimen, el IRPF se calcula sobre el beneficio real de la actividad, y las facturas que se emiten deben reflejar con exactitud la base imponible, el tipo de IVA y, en su caso, la retención de IRPF aplicable.
La retención de IRPF es el punto que más confusiones genera: el porcentaje aplicable depende del tipo de servicio, del tiempo que lleva el autónomo en activo y de si el cliente es una empresa o un particular. En general, los nuevos autónomos aplican un 7% los tres primeros años y un 15% a partir de entonces, aunque hay excepciones para determinadas actividades profesionales.
Gespymes calcula y aplica automáticamente el porcentaje de retención configurado por el autónomo para cada tipo de servicio o cliente, lo que elimina el riesgo de error manual en la liquidación trimestral del modelo 130. Además, el sistema consolida los ingresos y gastos del ejercicio para facilitar la declaración anual de la renta.
Preguntas frecuentes sobre facturación electrónica y regímenes fiscales
Sí, con matices. La obligación afecta a las relaciones B2B (entre empresas y autónomos), independientemente del régimen fiscal. La única excepción clara son las facturas simplificadas emitidas directamente al consumidor final. El calendario de implantación está escalonado según el tamaño de la empresa, pero la obligación es universal para el ámbito B2B.
¿Qué diferencia hay entre Verifactu y factura electrónica?
Son conceptos complementarios. La factura electrónica es el formato digital del documento. Verifactu es el sistema de control implantado por la AEAT que exige que el software que genera esas facturas certifique la integridad e inalterabilidad de los registros. Una empresa puede emitir facturas electrónicas sin estar sujeta a Verifactu (si su software aún no está obligado), pero no al revés.
¿Puedo cambiar de régimen fiscal y cómo afecta a mi facturación?
Sí, es posible cambiar de régimen con carácter anual en la declaración censal (modelo 036 o 037). El cambio afecta directamente al contenido de las facturas: al pasar de módulos a estimación directa, por ejemplo, será necesario incluir el desglose real del IVA y, en su caso, la retención de IRPF. Un software de contabilidad como Gespymes permite reconfigurar estos parámetros sin necesidad de cambiar de herramienta.
¿Todas las empresas deben emitir factura electrónica?
Sí, con matices. La obligación afecta a todas las relaciones B2B (entre empresas y autónomos), independientemente del régimen fiscal. La única excepción clara son las facturas simplificadas emitidas directamente al consumidor final. El calendario de implantación está escalonado según el tamaño de la empresa, pero la obligación es universal para el ámbito B2B.
Gestiona tu facturación electrónica sin errores, sea cual sea tu régimen fiscal
Adaptar la facturación electrónica a tu régimen fiscal no tiene que ser complicado. Gespymes es un software de contabilidad online diseñado para pymes y autónomos que gestiona automáticamente los requisitos de cada régimen: desde el IVA general hasta el recargo de equivalencia, pasando por las retenciones de IRPF y las operaciones intracomunitarias.
Además, Gespymes ya está certificado para Verifactu, por lo que no tendrás que preocuparte por las nuevas exigencias de la AEAT. Puedes consultar cómo funciona el sistema en nuestro artículo sobre Verifactu y la automatización de procesos fiscales, o revisar el impacto de Verifactu en la gestión de tesorería si buscas una visión más financiera.
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